De första Pediatrikdagarna arangerades på Karolinska universitetssjukhuset i Stockholm i september 2016. Fokus för presentationerna och diskussionerna var pediatrisk vård i humanitära kriser. Läkare Utan Gränser vill med evenemanget bidra till att förbättra och utveckla vård av barn i denna typ av situationer.
På de första Pediatrikdagarna deltog över 400 personer från 25 länder. År 2017 arrangerades Pediatrikdagarna i Dakar, Senegal, och 2019 var evenemanget tillbaka på Karolinska universitetssjukhuset.